Riche en faune et en flore, ce parc compte de nombreuses espèces de grands mammifères tels que les éléphants, les gorilles des plaines de l’Ouest, les chimpanzés, les panthères, les potamochères, les buffles, etc. Aussi, plus de 300 espèces d’oiseaux, 1000 espèces de plantes et une riche diversité de forêts.

Des marécages en forêt inondée abritent différentes espèces, dont les céphalophes bleus à dos jaune et à front noir. Les trois espèces de crocodiles d’Afrique vivent dans le parc national, où des tortues d’eau douce fréquentent les marécages et baïs. La zone protégée par le parc national de Nouabalé-Ndoki est l’une des dernières régions d’Afrique centrale où les éléphants sont à l’abri des chasseurs. La conservation et les études sur les animaux et les plantes sont effectuées par Wildlife Conservation Society (WCS), en collaboration avec le Gouvernement congolais. A l’intérieur du parc, on circule en 4×4, en pirogue et à pied avec des guides et pisteurs. Autour du Baïde Mbeli, des pistages à pied sont organisés dans la forêt. Au cours des 10 dernières années, les activités du parc sont axées sur le développement et la mise en œuvre de stratégies de protection, de recherche et de surveillance, d’importants programmes de renforcement des capacités notamment sur la gestion évolutive des structures et du personnel en place, afin de répondre aux menaces émergentes dans le paysage.

Classée comme l’une des nombreuses unités d’aménagement forestier constituant le domaine forestier du Congo, cette zone fut délimitée par des frontières naturelles, à l’exception de ses limites Sud et Ouest. La limite occidentale est la frontière internationale avec la République centrafricaine (RCA), la limite méridionale est une ligne droite orientée Est-Ouest. Le parc national de Nouabalé-Ndoki présente une grande importance en tant que bloc forestier intact qui restera comme un îlot dans l’océan des concessions forestières d’Afrique centrale. Il représente un écosystème intact : la dernière occupation humaine du site remontant à 600-900 ans.

Les recherches faites dans le parc national par WCS ont révélé l’absence de signes d’habitation humaine récente dans la zone, même pas les palmiers à huile qui indiquent souvent des villages abandonnés au cœur de la forêt à canopée fermée. Dans la dernière décennie, toute la terre autour de ces parcs nationaux a été attribuée à des sociétés forestières et le réseau des routes a complètement entouré ce qui était auparavant des blocs forestiers très isolés. Ces routes permettent un accès aisé par véhicule (ou à pied) à des zones autrefois très reculées. D’après les chercheurs, le parc national de Nouabalé-Ndoki est remarquable par la confiance que montrent la plupart des espèces animales à l’égard de l’homme. De nombreuses générations de grands mammifères n’ont jamais vu un chasseur humain et ces animaux montrent un comportement naïf lorsqu’ils rencontrent des hommes.